Põhjavee seire eesmärk on hinnata põhjavee koguselist ja keemilist seisundit ning jälgida muutusi ajas, et ennetada reostust ja tagada joogivee kvaliteet.

Merekeskkonna seire eesmärk on hinnata Eesti merealade seisundit ning tagada veeorganismidele sobivad elutingimused. Seire abil jälgitakse vee ja elustiku kvaliteeti ning selgitatakse välja inimtegevuse mõju ulatus. Samuti kogutakse andmeid ohtlike ainete esinemise kohta, kasutades rahvusvaheliselt kokkulepitud hindamismeetodeid ja indikaatoreid.

Kompleksseire eesmärk on hinnata õhusaaste mõju looduslikele ökosüsteemidele. Seiret tehakse rahvusvahelise metoodika alusel alates 1994. aastast. Uuritakse nii ilmastikunäitajaid, sademete ja õhu keemiat, taimkatet, mullavett kui ka bioloogilisi protsesse ja metsakahjustusi.

Sademete seire eesmärk on jälgida õhu kaudu keskkonda jõudvate saasteainete koostist, kogust ja võimalikke mõjusid eri piirkondades üle Eesti. Seiret tehakse alates 1995. aastast enam kui kahekümnes jaamas ja alal, hõlmates nii tausta-, linna- kui ka metsaseire alasid.

Välisõhu kvaliteedi seire eesmärk on jälgida õhusaaste taset nii linnades kui ka looduslikel taustaaladel, et hinnata saasteainete mõju inimeste tervisele ja keskkonnale. Eestis toimuvad pidevad mõõtmised kuues linnaõhu- ja kolmes taustaseirejaamas.

Siseveekogude – jõgede ja järvede – seire eesmärk on hinnata veekogude ökoloogilist ja keemilist seisundit ning jälgida muutusi, mida põhjustavad nii inimtegevus kui looduslikud protsessid. Seire tulemused aitavad mõista vee kvaliteeti ja elustiku seisundit ning kujundada keskkonnakaitsemeetmeid.