Merekeskkonna kaitse eesmärk on saavutada või säilitada hea keskkonnaseisund ning tagada veeorganismidele soodsate tingimustega toimiv mereökosüsteem. Selle saavutamiseks hinnatakse mereseire raames süstemaatiliselt veekvaliteeti, elustiku seisundit ning inimtegevuse poolt avaldatavat survet.