Meteoroloogilise seire eesmärk on koguda ilmavaatlusandmeid, mida kasutatakse igapäevaselt ilmaprognooside ja hoiatuste koostamisel nii Eestis kui ka rahvusvaheliselt. Lisaks on andmed olulised kliimauuringute, kliimanormide ja kliimastsenaariumite koostamise jaoks.

Keskkonnaagentuuri hüdroloogiaosakond koostab hüdroloogilise kvartaliülevaate iga kvartali järgse kuu viimasel kuupäeval. Kvartaliülevaade on pooloperatiivne kokkuvõte veevarudest Eesti jõgedes ja järvedes, kus püsiseirejaamade abil seiret tehakse.

Keskkonnaagentuuril on valminud Eesti metsade kõrguskaart, mis on koostatud Maa- ja Ruumiameti aerolaserskaneerimise ja Keskkonnaagentuuri statistilise metsainventeerimise traktide mõõdistuste põhjal.

Nõukogude sõjaväe poolt rahuaja tingimustes tekitatud keskkonnakahjude analüüs.