Hüdroloogilise seire eesmärk on hinnata Eesti veeressursside kogust ja seisundit. Seireandmeid kasutatakse veetasemete ja vooluhulkade muutuste jälgimiseks, prognooside ja hoiatuste koostamiseks ning reostuskoormuste hindamiseks. Samuti aitavad pikaajalised mõõtmised mõista muutusi jõgede veerežiimis ja jäänähtustes.

Meteoroloogilise seire eesmärk on koguda ilmavaatlusandmeid, mida kasutatakse igapäevaselt ilmaprognooside ja hoiatuste koostamisel nii Eestis kui ka rahvusvaheliselt. Lisaks on andmed olulised kliimauuringute, kliimanormide ja kliimastsenaariumite koostamise jaoks.

Mullaseire eesmärk on hinnata põllumuldade pikaajalist seisundit, tuvastada mulla kvaliteeti mõjutavaid muutusi ja leida võimalusi nende negatiivsete mõjude vähendamiseks. Seire aitab jälgida bioloogilisi, keemilisi ja füüsikalisi mullanäitajaid ning nende muutusi ajas. Võrdluseks uuritakse ka looduslikke mullaanalooge.

Põhjavee seire eesmärk on hinnata põhjavee koguselist ja keemilist seisundit ning jälgida muutusi ajas, et ennetada reostust ja tagada joogivee kvaliteet.

Merekeskkonna seire eesmärk on hinnata Eesti merealade seisundit ning tagada veeorganismidele sobivad elutingimused. Seire abil jälgitakse vee ja elustiku kvaliteeti ning selgitatakse välja inimtegevuse mõju ulatus. Samuti kogutakse andmeid ohtlike ainete esinemise kohta, kasutades rahvusvaheliselt kokkulepitud hindamismeetodeid ja indikaatoreid.

Kompleksseire eesmärk on hinnata õhusaaste mõju looduslikele ökosüsteemidele. Seiret tehakse rahvusvahelise metoodika alusel alates 1994. aastast. Uuritakse nii ilmastikunäitajaid, sademete ja õhu keemiat, taimkatet, mullavett kui ka bioloogilisi protsesse ja metsakahjustusi.